Warszawa była niszczona w czasie II wojny światowej czterokrotnie. Pierwsze zniszczenia powstały podczas bombardowania stolicy we wrześniu 1939. Po upadku Powstania w getcie warszawskim w maju 1943, cała dzielnica został zrównana z ziemią. W trakcie walk Powstania Warszawskiego w sierpniu i wrześniu 1944 miasto było niszczone niemieckim obstrzałem artyleryjskim, bombardowaniem i pożarami. A po jego kapitulacji i ewakuacji ludności cywilnej w październiku 1944, kolejne budynki były wysadzane w powietrze. W zbiorach Muzeum przeważa dokumentacja zniszczeń z czasu Powstania Warszawskiego i powojenna, ale znaleźć tu można także fotografie gruzów getta i ruin z roku 1939.